Apró termetük ellenére a mohák ökológiai és gazdasági jelentősége nem elhanyagolható. A biodiverzitás megőrzése e csoport esetében is jelentős szempont, védelmükhöz viszont feltétlenül szükséges a fajok elterjedésének feltérképezése és a veszélyeztetettség mértékének meghatározása.
Bár a Mecsek mohaflorisztikai felmérése a 20. század elején kezdődött és az ezredforduló előtt közel 290 fajt regisztráltak itt, a hegységet ezen a téren alulkutatottság jellemzi, mohaflórájáról átfogó mű még nem készült. A szisztematikus, Közép-európai Flóratérképezés kvadrátrendszere szerinti térképezés 2014 óta folyik, a terepi kutatás és a herbáriumi anyagok revíziója jelenleg is tart.
A hegység területét 19 kvadrát érinti, melyek közül jelenleg 17-ből rendelkezünk aktuális adatokkal. A térképezés során legalább 72 Mecsekre új fajt sikerült kimutatni, melyek közül egyet (Campylopus fragilis) Magyarországon ezelőtt soha nem találták. A hegységben 10 védett mohafaj fordul elő (pl. zöld kolboldmoha, fehérlő vánkosmoha, tőzegmohák), valamint számos más ritka, fenyegetett taxon is található itt (pl. a magyarországi Vörös Lista szerint kipusztulással veszélyeztetett, veszélyeztetett és adathiányos fajok). A sokszínűséget azonban fenyegethetik a területen sokfelé megtalálható inváziós (Campylopus introflexus) és expandáló mohák (C. flexuosus, Dicranum tauricum), amelyek az ország területén a Mecsekben találhatók legnagyobb kiterjedésben.
5 kvadrát 100 feletti fajszámmal rendelkezik, a fajokban leggazdagabb hálóegységben 153 taxon jelenlétéről van tudomásunk. Aktuális adat 318 fajról van, az új eredményekkel együtt a hegységből valaha előkerült taxonok száma 362-re növekedett, amely a magyar mohaflórának jelentős hányadát (több mint felét) jelenti az országnak mintegy 0,6%-nyi területén.